（一）办公室
　　协助局领导协调机关工作，制定局机关各项工作制度；负责综合性政策调研，拟定全市卫生工作政策；负责会议组织、文电处理、秘书、机要保密、档案管理、机关财务、行政事业、信息、国有资产管理以及安全保卫工作。
　　（二）计划财务科（挂审计科牌子）
　　研究拟定全市卫生事业发展规划工作，统筹规划与协调全市卫生资源配置；编制市级卫生财务预算、决算并负责市级卫生经费的管理工作，拟定卫生财务管理规章并监督实施；研究提出卫生服务价格建议；组织监督实施卫生装备的配置与管理；协调监督国外卫生贷款在潜的立项与实施工作。负责局机关及系统内财务审计工作。
　　（三）医政科
　　负责全市医政管理工作；负责医疗机构执业许可证审批、注册登记和医疗质量、服务质量的监督管理；拟定医疗机构的发展规划和管理办法，监督实施医疗机构的国家技术标准、医务人员职业道德和服务规范；研究指导医疗机构改革；依法监督管理全市输血工作，负责基层血站和采供血及临床用血质量的管理；负责全市临床检验和临床药学管理工作；组织对全市重大医疗事故、医疗纠纷的技术鉴定和调查处理；负责全市医疗广告的审批管理；制定全市中医事业发展规划，管理全市中医和中西医结合工作。
　　（四）疾病控制科
　　拟定全市传染病、地方病、寄生虫病、慢性非传染疾病及学生常见病等与公共卫生相关疾病的防治规划和措施；组织对重大疾病、地方病的综合防治；制定全市监督监测传染病名录并组织实施；组织调度全市卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、病情的发生和蔓延；依法统计、报告、发布疫情；组织实施儿童计划免疫工作。
　　（五）卫生法制监督科
　　贯彻执行国家关于卫生方面法律、法规，研究起草地方性卫生法规；组织管理卫生法制宣传和执法人员培训工作，负责卫生行政复议和卫生执法监督；监督管理传染病防治和食品、职业、环境、放射、公共饮水和学校卫生，落实食品、化妆品等与健康相关产品的质量管理办法和措施；组织实施劳动能力及伤残鉴定；对大型工程项目进行预防性卫生监督；对有关职业从业人员实施健康许可证制度；查处卫生违法案件；负责中央、省属在潜和外资单位的卫生监督执法工作。
　　（六）基层卫生与妇幼保健科
　　研究拟定农村卫生、城镇社区卫生服务和初级卫生保健的发展规划和措施，推进城镇社区卫生服务体系和农村合作医疗保障制度的建立与完善；研究制定全市妇幼卫生工作发展规划和政策措施，依法组织婚前医学检查、卫生指导与卫生咨询；指导全市妇女保健、儿童保健的业务工作；负责母婴保健专项技术实施的监督管理，协调有关方面做好优生优育、提高出生人口素质工作；配合有关部门制定计划生育技术卫生标准和业务指导工作；做好基层卫生儿童计划免疫工作。
　　（七）人事科技教育科（挂老干部科牌子）
　　负责局系统党群、思想政治工作和精神文明建设。负责局机关及系统内老干部日常管理工作。研究制度全市卫生人才发展规划；配合机构编制部门研究制定卫生机构编制标准；负责局机关及所属单位的机构编制、人事、劳动工资和岗位培训工作；会同有关部门组织全市卫生人事制度改革和卫生专业技术职称考试工作；归口管理全市医疗卫生社团组织。研究拟定市重点医学科技发展规划，确定卫生科技优先发展领域；制定重大疾病研究项目计划；组织协调市重点医药科研攻关及科技成果的推广应用工作；负责全市医学信息的管理；拟定医学教育发展规划；负责全市继续医学教育、乡村医生培训和成人医学教育管理工作，管理和指导潜江卫校中等医学教育教学工作；组织指导全市医疗卫生方面的政府与民间的多边、双边对外合作交流；负责组织和管理医务人员对外技术、劳务输出与合作；负责援外医疗队队员的选派工作。
　　（八）血防科
　　负责全市血吸虫病的业务指导、疫情资料的统计、分析和上报工作；制定血吸虫病年度防治计划和中长期防治规划；宣传贯彻执行《湖北省血吸虫防治条例》；开展对血吸虫病综合治理和科学防治工作；负责血吸虫病的普及教育，提高疫区群众的防病能力。
　　（九）监察室
　　负责局机关及系统内信访案件的查处和回复工作；抓好本系统纪检监察工作。